Im Jahr 2005 geht die Schlacht zwischen Decepticons und Autobots weiter: Nachdem Megatron (Stimme im Original: Frank Welker / deutsche Stimme: Manfred Erdmann) und seine Decepticons den Heimatplaneten der Transformers erobert haben, haben Optimus Prime (Peter Cullen / Thomas Rau) und die verbliebenen Autobots auf der Erde eine Stadt names Autobot City errichtet, von wo aus sie die Rückeroberung ihrer Heimatwelt planen. Spike Witwicky (Corey Burton / Crock Krumbiegel), ein Mensch der den Autobots bei ihrem Kampf zur Seite steht, ist mittlerweile erwachsen geworden und hat einen Sohn namens Daniel (David Mendenhall / Marc Stachel). Bei einem Großangriff der Decepticons auf Autobot City erleiden beide Seiten schwere Verluste und Optimus Prime erliegt schließlich seinen schweren Verletzungen. Ultra Magnus tritt seine Nachfolge an, doch inzwischen gibt es eine weitere Bedrohung: Der Planetenzerstörer Unicron (Orson Welles / Werner Abrolat) hat es ebenfalls auf ihre Heimat abgesehen...